Sin embargo a mediados de 2005 volvió al club de sus amores: Universidad de Chile, convirtiéndose en el capitán y líder indiscutido del equipo universitario, con quien llegó a dos finales sin poder ganar el título, en el Torneo de Clausura 2005 contra Universidad Católica, donde caen en definición a penales, y el Torneo de Apertura 2006 contra Colo-Colo, camiseta psg jordan 22 23 donde nuevamente caen en la definición desde el punto penal. Entre los años 2004 y 2005 recibió ofertas para volver al fútbol europeo de parte del Barcelona de España y el Inter de Milán de Italia, equipacion atletico de madrid entre otros.
